제주도민속자연사박물관은 자연사전시실, 민속전시실, 특별전시실, 시청각실 등으로 구분되어 있다. 건물 입구로 들어서면 전시가 시작되는데 왼쪽부터 시계방향으로 자연사전시실 - 제1-2민속전시실 - 특별전시실로 이어져 있어 1시간쯤 둘러보면 완전히 한바퀴를 돌게 된다.
제주의 독특한 민속유물과 동식물, 지질, 해양생물 등의 자연사 자료가 총 667평의 전시실에 일목요연하게 전시되어 있는 자연사전시실은 지질암석관, 해양생물관, 식물관, 곤충관, 조류관, 포유류관 등 여섯가지 기능의 전시관으로 이루어져 있다.
